行政职能科室13个：办公室、规划计划科、财务科、调研法规科、建设管理科、行政审批科、水土保持科、安全与质量监督科、人事科、审计科、水资源管理科（供水用水管理科、市节约用水办公室）、河道管理科、河长制管理科。另外，离退休人员管理服务科、机关党委按有关规定设置。

　　下属二级事业单位11个，2个参照公务员管理的单位：市防汛抗旱指挥部办公室、水政监察支队；6个全额事业单位：市河道采砂管理处、洞庭湖水利工程岳阳建设管理站、市农村水利管理站、市农村水电及电气化发展中心、洋溪湖水利水电工程管理处、防汛物资储备管理中心。1个差额事业单位：市水利水电规划勘测设计院。2个自收自支事业单位：市水利水电工程监理站、机关后勤服务中心。

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